Müzakereler, Aralık 2004 Avrupa Konseyi kararları ( December 2004 European Council conclusions) doğrultusunda müzakerelerde takip edilecek yöntem ve kılavuz ilkeleri tespit eden "Müzakere Çerçevesi" uyarınca yürütülür.

İlk aşama, genel olarak bir yıl kadar süren tarama sürecidir. Tarama süreci müzakereler başlamadan önce aday ülkelerin, AB müktesebatının 35 politika alanında sergilediği hazırlık düzeyinin tespitini amaçlar.

Bu aşamada, her bir müktesebat faslı için ikişer adet resmi toplantı düzenlenir. İlk toplantıda Komisyon aday ülkeye o fasla ilişkin olarak yerine getirmesi gereken mükellefiyetleri açıklar. Yaklaşık bir ay kadar sonra, ikinci toplantı düzenlenir (ülke oturumu olarak adlandırılır) ve bu toplantıda, aday ülke, konuya ilişkin ne kadar hazırlıklı olduğunu, uyumlaştırma planlarını ve müzakere pozisyonunu ortaya koyar.

Bu toplantıların ardından, Komisyon o fasıla ilişkin "tarama raporunu hazırlayarak taslak bir Ortak Pozisyon Belgesi'ni (DCP) Avrupa Birliği Konseyi'ne sunar.

Müzakereler nasıl ilerler?
AB Konseyi, taslak halindeki ortak pozisyonu tartışarak belge üzerinde yapılması teklif edilen değişiklikler ve yorumlar doğrultusunda bu Taslağı ortak AB Pozisyonu olarak kabul etme yönünde oybirliğiyle karar alır. Ortak pozisyon, aday ülkenin belli fasıllarda yapılacak müzakerelerin başlamasından önce yerine getirmesi gereken veya bir faslın geçici olarak kapanması için gerekli olan ölçütleri içerir.

Daha ileri düzeyde tartışılması gerekebilecek bir takım konular da söz konusu olabilir (örneğin geçiş dönemi talepleri gibi); bu gibi durumlarda, bu konuların açıklığa kavuşturulabilmesi için, aday ülke ile 27 üye ülke arasında üzerinde tartışılan birçok pozisyon belgesi hazırlanabilir.

Her bir fasıl üzerinde anlaşmaya varıldığında, o fasıl geçici olarak kapanır -ancak, her bir husus üzerinde anlaşma sağlanmadan hiçbir şey kesin değildir. Topluluk müktesebatı sürekli olarak değişip geliştiğinden ileri bir tarihte fasılların yeniden açılması da gerekebilir.

Süreç boyunca Komisyon aday ülkenin üyelik hazırlıklarını ve kaydettiği gelişmeleri takip eder. Bu izleme sürecinin sonunda, yıllık "İlerleme Raporu" yayımlanır.

Müktesebatın tüm fasılları üzerinde anlaşmaya varıldığında -ki bu birkaç yıl devam eden bir süreçtir- varılan sonuçlar, "Katılım Antlaşması"na dercedilir. Uygun olan hallerde, geçici tedbirler sistemi kullanılarak tüm Topluluk Müktesebatı'nın iç hukuka aktarılması amacıyla ek süre sağlanır ve müzakereler de bu şekilde sonuçlandırılır.

Katılım Antlaşması'nın imzalanmasından önce, Komisyon aday ülkenin üyelik başvurusu ile ilgili olarak nihai görüşünü ortaya koyar. Bununla yanında hem Avrupa Parlamentosu'nun rızası alınmalı hem de Avrupa Birliği Konseyi, başvuruyu oybirliği ile kabul etmelidir.

Katılım Antlaşması'nın yürürlüğe girebilmesi için hem AB üyesi ülkelerin hem de katılan ülkenin parlamentolarında onaylanması gerekir. Bazen bu amaçla referandumlar düzenlenir. Üyelik ancak Katılım Antlaşması'nın yürürlük kazanması ile gerçekleşir. Müzakereler, Üye Ülkeler ile Türkiye arasında düzenlenen ve katılım konferansları adı verilen Hükümetler arası Konferanslarda yürütülmektedir.

Üye Ülkeler ortak pozisyonlarını Türkiye'ye sunmadan önce kendi aralarında belirlemek amacıyla AB Bakanlar Konseyi çerçevesinde toplanır. Bütün kararlar oy birliğiyle alınır.

Bakanlar Konseyi (her Üye Ülkeden bir temsilci) AB tarafının baş aktörü ve karar alma organıdır. Konsey'in dönüşümlü olarak üstlenilen Konsey Başkanlığı toplantılara başkanlık eder ve Türkiye ile iletişimi sağlar.

Katılım Konferansında Türkiye, Dışişleri Bakanı ve Baş Müzakereci Ali Babacan tarafından temsil edilmektedir. Brüksel'de günlük temaslar ve temsil görevi Büyükelçi Volkan Bozkır'ın başkanlığındaki Türkiye'nin AB Daimi Temsilçiliği tarafından üstlenilmektedir.

Avrupa Komisyonu "Antlaşmaların Koruyucusu" olarak teknik destek sağlar ve müzakere sürecinde kolaylaştırıcı olarak görev alır. Komisyon içerisindeki işler Komisyon Üyesi Olli Rehn'in başkanlığındakiGenişleme Genel Müdürlüğü tarafından koordine edilir.

Avrupa Parlamentosu müzakerelerde sağlanan ilerleme konusunda bilgilendirilir. Parlamento'nun sonuçta ortaya çıkacak katılım antlaşmasına onay vermesi gereklidir.